Основу собрания составляют прижизненные издания русских писателей и поэтов ХIX-ХХ веков, в их числе уникальные экземпляры с авторскими пометами и записями, дарственными надписями, с раскрашенными от руки иллюстрациями и отпечатанные на особой бумаге с дополнительными гравюрами малотиражные издания.
Немалую часть собрания составляют книги, оформленные художниками объединения «Мир искусства», издания русских футуристов, книги первых послереволюционных лет и издания конструктивистов, современная авторская книга.
Мемориальную часть книжной коллекции музея составляют личные библиотеки Анны Ахматовой, Льва Гумилёва и Иосифа Бродского. Ленинградская часть библиотеки Бродского была передана в музей при жизни поэта с его согласия.
В настоящее время коллекция фонда редкой книги насчитывает около 15 000 единиц и продолжает пополняться.